По данным Кубьены, каждому типу почвы присущи не только определенный состав органических и коллоидных веществ, но и своя особая микроструктура, которая зависит именно от этого состава. Почвы могут быть более или менее пористыми, нет такой почвы, которую не пронизывало бы множество полостей, самых разнообразных по величине. В наименее плотных почвах эти пустоты могут занимать до 75% общего объема. Поры заполнены воздухом или водой, таким образом, в них таится немало самых разных возможностей для существования по крайней мере микрофауны.
Животные, обитающие в одной и той же почве, но одновременно находящиеся в совершенно различных экологических условиях, как бы делятся на две группы. Одни, те, что образуют микрофауну, по размеру не больше миллиметра. Они-то и живут в микропорах, о которых мы только что говорили. Те же, что входят в состав макрофауны, много крупнее; к ним относятся, например, дождевые черви или роющие насекомые. Они выкапывают большие, иногда очень глубокие норы: там они находят достаточно воздуха и влаги для нормальной жизнедеятельности и, по-видимому, меньше зависят от микроструктуры почвы, которую, впрочем, сами же и изменяют, нередко весьма значительно.

Наконец, некоторые ученые сочли необходимым выделить «мезофауну», состоящую из видов более крупных, чем виды микрофауны, и к тому же не имеющих той вытянутой червеобразной формы, какая характерна для беспозвоночных, укрывающихся в почве; в отличие от последних животные, входящие в мезофауну, покрыты более или менее плотным панцирем, подобным тому, какой «носят» клещи.